莲花生大士是过去、现在、未来三时诸佛之总集。有关这位大士的传记有无数种，其中主要以“佛语”和“伏藏”的形式出现，这里我们按伏藏传记来叙述。 《文殊大幻网续》中说∶“祥瑞佛陀莲花生持有遍知智慧库此王还持大幻术以及佛陀五种姓。”这一预言应验于西方乌谛雅那国。
在乌谛雅那国的东、南、北三方，各有一片大海。西南方与罗刹地较近处有一座海岛，岛上有一株佛陀加持过的莲花树，树上长满五颜六色的花蕾，从极乐世界无量光佛，
心部的金色“啥”字中，射出一支金刚杵，正中树上的花蕾，结果花中生出了一个八岁左右，生来相好，手持金刚杵和莲花的小孩，这便是一切如来佛语的主宰，无量光佛的化身。
这个化身对天空和海岛的众空行母讲解深奥正法期间，正好当地的国王安扎菩提没有王子，国王为此倾尽国库，向三宝致供品，还派人前往大海探取如意摩尼宝。在探宝回来的路上，佛教大臣特瑟那津首先拜见这位化身。随后国王也拜见了这位化身，并收为养子，请至王宫，起名莲花生，又名海生金刚。
这位化身被迎请坐于摩尼宝的宝座上。这时，天空下起了衣食珠宝雨，满足了所有人的需求。这位年青化身进入王宫后，用各种嬉戏使无数化机得到了异熟。他还娶空行母持光女为妃，并以佛教教义来治理乌谛雅那国，被封为顶髻王。但他觉得治国并不能完成伟大的利他事业，所以向父王提出退出王位的请求，但未获允准。
一次，莲花生趁玩耍之机，故意让手中的天杖脱手，砸死了魔臣的儿子，同时超渡了他，但却因此被流放至寒林。期间，他在寒林坟、欢乐坟、索萨洲等地作禁行，接受了制伏魔鬼空行母和静命大师的灌顶，起名先达拉奇达。
在前去达那郭夏海时，他用密宗空行母之语修行，降伏了海中的众空行母们。在粗变林地区作禁行时，他还亲见了金刚亥母，得到加持，调伏了海里的龙和天空中的星曜辰宿。三处勇父和众空行母赐予了他成就，并起名为威猛金刚。
此后，他前往金刚座，在那里示现了种种神通。人们问他是谁，他便回答说∶“我是自然佛陀。”但没有一人相信，反而大肆污蔑他。他看到这种情形，认为已无停留的必要，遂往萨河尔国，投入扎巴哈德大师门下出家为僧，起名释迦森格。
他把瑜伽续闻修了十八遍，亲见了该续的所有智慧本尊。当他向秘密智慧空行母比丘尼全喜女请求灌顶时，被空行母变成一个“吽”字，吞入腹内，在腹内得到内、外、密的全部灌顶，而后从密轮生出，洗净了三种罪孽。
他还从八大持明处得到八种修法。从佛密处得到《幻化续》等，并在天竺很多学者和成就者那里学到显、密及所有学问。无论何种正法，他只要学一遍便能掌握。有些正法甚至还未修，就已经能亲见到智慧本尊，故又起名为爱慧，得到了异熟持明的果位。
萨河尔国国王圣典持的女儿曼达拉瓦公主是一位具有空行母性相的女子，莲花生大士将她摄受后，作为修行者的明妃，领至玛拉德嘎岩洞，修了三个月的长寿法。后来依怙无量寿佛亲临此地，为他作灌顶，作了与无量寿佛完全一体的加持，赐予了一千一百万种长寿续，使他得到寿命自在持明的成就，修成了无生无死的金刚身。
之后，他去调伏萨河尔国。在该国，王臣将他推入火中焚烧时，显示神通，将燃烧的油化成一片海，海中生出一株莲花树，自己盘坐于花之上。众人见他如此神通，十分敬仰，纷纷加入佛门，进入了不退地。
为了调伏乌谛雅那国，莲花生又去那里化缘，被当地认识他的居民和魔臣投入燃烧的旃檀木大火中。结果他再次显示神通，将烈火化作海洋，海中生出的莲花树上，盘坐着他们夫妇二人，并在众生身上幻变出标志轮回普渡的颅骨念珠，又名莲花颅骨珠。他在当地作了十三年的国王福田，普弘了佛教，赐予佛语集的正法，使众生得到了异熟。国王夫妇等有缘者还得到了殊胜持明的果位，得名为莲花王。
正如《行对境幻化经》中所预言的那样，莲花生为了调伏阿育王，又化成一个叫旺波德的比丘，使阿育王得到了不退地的信心，他还用一夜时间，在南瞻部洲建造了一千万座珍藏如来舍利的宝塔。设法调伏或赶走了不利于佛教的具有力量者和外道王。有一个国王企图对他下毒，但未能伤及他，他把毒倒入恒河水中，结果恒河倒流了一段时间。他又在空中舞蹈，被称为飞天幻儿。
此外，迎接《喜金刚续下部》的海生大师、婆罗门萨拉哈、仲毕赫鲁嘎、毗鲁巴、大黑行者等，虽身份和名号不同，其实都是莲花生一人。
莲花生还去身圆满等大寒林，向众空行母讲解密法，并调伏内外五猛者，封他们为护法。在进行这些事业时，他的名字叫日光。
当五百名外道士在金刚座攻击佛教时，莲花生又通过辩论和比试神通，获得了胜利。当外道士修咒文来攻击他时，他用空行母调伏魔所赐的猛咒将他们逐一消灭，并用大火焚毁了外道城市，余下的人纷纷皈依了佛门，正法的宝幢被高高竖起，他也因此得名狮子吼。
莲花生通过上述行为就消尽了三漏，得到圆满殊胜道，成了寿命自在持明。这之后，莲花生在天竺和尼泊尔之间的羊里肖岩，与尼泊尔国王持善的女儿释迦德瓦公主一同修依，在通过真实意本尊，修殊胜正果时，三个凶猛的魔鬼和罗刹前来阻碍，导致当地三年大旱，疾病流行，出现饥荒，莲花生派人到天竺取来除障的《普巴金刚续》及其传承等，需两人才能背得动的正法后，障碍自然消失，天下起大雨，疾病也随之根除，莲花生与其佛母得到了殊胜的成就，盘坐于大手印持明身中。
真实意的成就虽大，就如同商人障碍也会增多一样，不能缺少普巴金刚作为护驾，所以莲师著作了真实义和普巴金刚合修的法门，因此莲花生降伏了十六个世间之男性和女性的鬼神，并封他们为普巴金刚的护法。
此外，莲花生还在乌谛雅那境内的赫尔英孜岛、斯果达拉、达那郭夏、茹嘎玛、地拉胡德、塔茹图、嘎玛茹等地为有缘者讲正法，以共通的成就，使很多有情者获得了益处。他还把大江大河的水引入地下，为缺水的地方挖掘出水源。天竺东、南、中三方，各有一座外道神所依，对佛教危害很大，结果也被莲花生的普巴金刚威力所摧毁。
当佛教十分兴盛的甘扎地区遭到堵鲁伽国军队的侵略时，莲花生以期克印手印，将敌军五百条横渡奈拉河的战船全部沉入了河中，彻底杜绝了堵鲁伽的危害。
关于莲花生在跳跃国期间的情况，详细时间不清楚，只知道他调伏了那里的空行母等人与非人，建筑了佛殿。按照这位大士的传承记载，他在跳跃国期间，曾使《喜金刚》、《月密明点》、《真实意》、《马面本尊》、《普巴金刚》、《本母》等为主要内容的四部密宗的闻、讲、修事业兴旺发达，直至近代。
当地的史书中也记载道，莲花生离开此地后便去了罗刹，这都是在天竺的史书中记载的。据说，莲花生在天竺居住了三千六百年，进行利他事业。对于这个时间概念，有的学者说，当时的一年相当于现在的半年。也有的学者认为这只不过是一个复数词而已。
莲花生还以神通王和俱力瑜伽的身份，调伏了霍尔和汉地的有情。在香雄地区，以一个名叫达比舍扎的天成孩子的身份，用大圆满“耳传诀窍”使很多有缘弟子实现了虹身。他还在不同的国度和不同语言环境中适当地发展各种事业，把众生置于解脱之道，展示其无限的事业。这些仅仅是按照当时情况和传记来写的。
除了直接传承的差别之外，没有一个不是莲花生的化机，谁都无法看到获得金刚持果位者的传记边界。所以，那些大成就者对一般化机而言，也是看不到的。有的时候，在经过很长一段时间后，他们会重新显出原来的身体，并生活很长时间；有时，一些人能看到他的身体，另一些人却看不到；有时他们会圆寂，有时会诞生。过去，白茹巴圆寂后，回来过三次；扎兰达日巴圆寂后，也回来过五次；大黑行者在德白果扎圆寂后，弟子们把他的法体火化，但他又在另一个地方，以原来的身份作利他的事业。
就这样，他们会在新的地方重新诞生，并重新得到殊胜的成就，对凡夫的内心显现来说，要让前后的时间和地点完全一致是不可能的。正如国王的圣旨不同于普通人的言语。根据众生的敬慕和不同的想法，圣人才会作出相应的神通。《圣诸正法聚集经》说∶“把坏劫信受为成劫时，就会出现成劫，众生也会认为是成劫；把成劫信受为坏劫时，就会出现坏劫，众生也会认为是坏劫；坏劫和成劫并不是一成不变，而是随着信受的改变而改变。同样，信受可以将一个劫的时间缩短成一个上午，众生也会认为只有一个上午的时间；反过来信受也可以把一个上午的时间延长为一个劫的时间，众生也会认为只有一个劫的时间。这是从菩萨的信受那里示现的神通。”
因此，佛陀的发愿及众生的因缘聚集时，出现了无数的化身，例如莲师传记里为了调伏六道轮回众生，出现六种莲师的化身，有如下的记载：
如此的大极乐世界
是纯粹的佛净土
不可计量的世间刹土
遍布无数的轮回众生
为了消除众生的烦恼敌
在“天界”名为咕噜金摩尼持
在“阿修罗界”名为咕噜胜利
在“人间”名为释迦森格
在“畜生道”名为咕噜森格然丹
在“饿鬼道”名为咕噜现明
在“地狱道”名为咕噜常压。
