佛學院教育課程中，「學前課程」為八年，學前教育期間，須完成藏文母語的聽、說、讀、寫及壇城佈置、朵瑪製作、修法等基礎內容； 「義理課程」為九年，涵蓋顯、密乘義理教法並以敦珠法王傳承為主要教法內容，循序漸進、考核嚴謹；「實修課程」為三年三個月又三天的閉關，總計有十二年。
| 年級 | 根本課程 | 部分課程 |
|---|---|---|
| 一年級 | 入菩薩行論根本 三戒論的注釋 |
藏語語法三十頌 音勢論簡略講解 學派簡論 因類學論 |
| 二年級 | 入學者論 中觀莊嚴論 |
藏語語法廣泛注釋 宗教史 - 勝利天王 第一章殊勝讚 |
| 三年級 | 入中觀論 觀點和教派分辨論 |
音勢論的廣泛講解 宗教史 - 勝利天王 第二章 義定量智慧劍論 |
| 四年級 | 中觀四百論 釋量論 第一章 |
宗教史 - 勝利天王 第三、四章 修辭學論 中冊 |
| 五年級 | 阿毗達磨俱舍論 釋量論 第二、三章 |
宗教史 - 勝利天王第五章 信念燈論 修辭學論中冊廣泛講解 |
| 六年級 | 寶性論 般若總義論 現觀莊嚴論 - 注釋義明 釋量論 第四章 |
智慧章注釋 - 澄水珠 宗教史 - 勝利天王第六章 般若義七十論 |
| 七年級 | 莊嚴經論 功德藏注釋 生起次第講解論 |
辨法法性論 辨中邊論 獅子吼總義論 宗教史 - 勝利天王 第七、八章 |
| 八年級 | 律經根本律 上下冊 如意藏 大幻化網大綱論 心性休息論 |
無 |
| 九年級 | 大幻化網大綱 - 明精義論 現象淨觀論 訣竅見珠鍊論 八大修行注釋論 |
無 |
| 三年三個月又三天的閉關 |
|---|
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閉關者希冀達到究竟圓滿的結果，需具備兩大條件：
一、擁有不間斷且正確清淨傳承的成就上師與教法。 二、無誤的信心與實修。因此在行者入關前，仁波切會視其資質、條件、因緣，賜予適合的教法，期間亦不定期給予個別指導，直到圓滿出關。 |
