佛陀於涅槃經中提及「我的化身將在我涅槃八年後，從清淨的蓮花中化生，與末法時代眾生特別具緣，祂的佛行事業更廣大遍布，利益無量無邊的眾生。」此殊勝化身即藏傳佛教的始祖──蓮花生大士(又稱蓮師佛陀)。藏王赤松徳貞在西元第八世紀迎請蓮花生大士入藏，佛法從此廣傳興盛於藏區，藏傳佛教成為藏民精神信仰與生活的依歸，至今受益眾生無可計數。

幾千年來，佛法幫助眾生獲得心靈的究竟安樂，而「僧寶」對佛法的傳承教授有其絕對重要價值，故具足三所依的佛寺就是令這些重要價值得以發揮功能的神聖殿堂。因此，仁波切於蓮花生大士佛陀修持「普巴金剛」示現不共成就的聖地，興建傳承「敦珠新巖藏」法脈的代表寺院──桑耶紀念僧尼佛寺。這座以安置僧尼學習正法為建寺初衷的佛寺，可輕鬆容納六千位僧尼同時修、學正法，對敦珠新嚴藏法傳承具有承先啟後的重要意義。

這座佛寺以法、報、化三身佛的壇城及五方佛壇城為建築的主要設計。從遠處眺望，外觀為四層結構體的佛寺，實際上有九層樓高（一樓大殿挑高三層，二樓以上的壇城皆為兩層樓高），氣勢雄偉磅薄，殿內所有佛像的雕塑，以及法座、壇城和壁畫等工藝都如法設計、精心製作。以下簡介各層佛殿雕像及莊嚴飾。

一樓大殿：主尊為蓮花生大士及其頂上部主觀音佛陀，其左右脅侍佛母曼達拉哇、佛母耶謝措嘉並有八大持明圍繞著主尊。

主尊蓮師的右邊為堪布菩提薩埵頂上部主為金剛手菩薩。主尊蓮師的左邊為法王赤松德貞頂上部主為文殊菩薩。兩主尊堪布菩提薩埵以及法王赤松德貞的周圍有八變蓮師、隆千巴尊者師徒、伏藏大師一世及二世敦珠法王圍繞著。

主尊的最右側是普巴金剛本尊，部主為普賢王如來佛父母。
主尊的最左側是空行精義耶謝措嘉佛母，頂上部主為普賢佛母，周圍有金剛瑜伽母、咕嚕咕咧佛母、獅面空行母、黑金剛亥母圍繞著。
主尊前方左右兩側有千尊蓮師雕像，以及敦珠法王本生歷代傳承壁畫、敦珠法王新岩藏海生蓮師壁畫、空行精義唐卡。
大殿天花板上有二十七幅佛語遠傳及伏藏近傳壇城的精細彩繪等莊嚴。
二樓佛殿：八大黑嚕嘎本尊、上師密精義本尊、普巴金剛本尊、七佛及十六阿羅漢圍繞三時佛(過去、現在、未來)等等莊嚴雕像。文武百尊壇城宮殿雕像。
三樓佛殿：千手千眼觀音佛陀、八大菩薩、金剛薩埵佛父母、毘廬遮納佛父母、二十一度母及長壽三尊佛等雕像。敦珠巖藏歷代傳承等壁畫。
佛殿外四隅有：不動明王佛父母、寶生佛父母、阿彌陀佛佛父母、不空成就佛父母等莊嚴雕像的壇城宮殿。
四樓佛殿為西方極樂三尊佛（阿彌陀佛、觀世音菩薩、大勢至菩薩）及普賢如來佛父母等雕像。

桑耶紀念佛寺如銅色吉祥山具足圓滿三身佛淨土功德之美名，已傳播至世界各地。

仁波切辦學嚴謹和優質僧才的培育成果也早已家喻戶曉，因此，依止佛寺的僧尼已逾數百，不遠千里而來朝拜者更是絡繹不絕，足徵上師卓絕群倫的德行光芒，熠熠照耀著大地眾生。

佛寺在仁波切與佛母事必躬親的督造下，順利於西元二零零九年十一月二十三日舉行開光大典。是日吉祥殊勝、諸佛歡欣，佛寺的創建者──尊貴的耶謝桑波仁波切與尊貴的佛母，敬邀「敦珠新巖藏法」完整持有者──尊貴的法王董瑟聽列諾布仁波切蒞臨主持開光典禮，許多具德上師、祖古和喇嘛、僧尼、瑜伽士、在家居士等四眾弟子，超過萬人恭逢盛會、普天同慶，宛如置身於蓮花生大士創建的桑耶寺圓滿殊勝落成大典再次鮮明顯現的場景中。桑耶紀念佛寺即在如此無與倫比的盛況中完成殊勝的啟用典禮。

從覓地、設計、籌資、挑選建材、工匠，到歷時數年的建築工事，尊貴的仁波切和尊貴的佛母不辭艱辛地親自參與每個過程和細節，因有這般圓滿的清淨發心和行事，始呈現如法王親諭「首屈一指的圓滿佛寺」。

佛寺開光典禮圓滿後，法王董瑟聽列諾布仁波切駐錫佛寺三個多月期間，親賜「敦珠新巖藏」等無數教法、灌頂、口傳及訣竅講解予來自尼泊爾、印度、不丹、台灣、美國、俄羅斯、歐洲、英國、加拿大、馬來西亞、新加坡等世界各地的具信佛子們。參加盛會的大眾們有這般幸運，全靠仁波切與佛母百忙中慈悲成全。

法王說道：此桑耶紀念佛寺對寧瑪巴傳承及世人而言，恩德等同蓮師淨土銅色吉祥山，是自然天成的摩尼寶，是圓滿累積福慧資糧的殊勝所依。