一般而言，继“皈依”及“发菩提心”之后，接着是“金刚萨埵法”，然后才是“献曼达”； 敦珠法王传承的新岩藏加行短轨，则是先有“献曼达”，然后才是“金刚萨埵法”。先后次序的不同并不会有修持上的差别，以下就依照一般的次序进行讲解。
“加行”虽然属于密法，但是它的内容具足了“小乘”、“大乘”到“金刚乘的最顶级——大圆满法”的加行。
前面已经讲完小乘、大乘教法的前行内容，从金刚萨埵法开始，将进入密法无上密的生起次第和圆满次第的加行。“金刚萨埵法”是消业障的殊胜方法。特别当我们进入释迦牟尼佛陀教法的法门，受“别解脱戒”、“菩萨戒”、“金刚戒”之后，必须持守戒律的清净而实修，才能获得一切“共” 和“不共”的成就，因为，戒律就像教法的命一样重要！
一般的初学者，尤其是身处于现今五浊恶世、末法时代的众生，内心充满许多烦恼、杂念，难免因为不明白、不小心等因素，稍一不慎而失毁戒律的清净，产生障碍，无法获得成就。“金刚萨埵法”就是消除这些障碍及业障的最殊胜方法。金刚萨埵在行菩萨道时曾发愿：“只要听到祂的名字，就能完全消除业障，未达到这样的能力之前，誓不成佛。”立下宏愿之后，不断累积福慧资粮，最后圆满成佛者就是金刚萨埵，所以祂具有消除业障的特别能力。
一般的佛教里（就显宗而言），为什么不曾听过金刚萨埵本尊或金刚萨埵？其实，八大菩萨中的普贤菩萨就是金刚萨埵。提到菩萨的时候，大部分人的观念认为：菩萨的成就、智慧尚未达到如佛陀般圆满。但实际上菩萨有两种，一种是“果”的菩萨，另一种是“道”的菩萨。如八大菩萨是“果”的菩萨，早已成佛，只是示现为菩萨的身份行利他事业。例如文殊菩萨是一切诸佛智慧的显相；观世音菩萨是一切诸佛慈悲的显相；金刚萨埵是一切诸佛能力的显相；弥勒菩萨是贤劫千佛中的第五佛等等。由此可知，虽然称呼上是菩萨，实际上祂的成就和佛没有差别。“道”的菩萨是成就初地到十地果位，或者是大乘的资粮道、加行道、见道、修道的菩萨们。
消除业障是金刚萨埵本尊因特别发愿而成就的事业能力，我们若能诚心忏悔，向祂祈求消除业障、烦恼，一定能如愿！但须具备佛陀在《大宝积经大乘十法经》中所云的四种对治力来忏悔，众生如须弥山般高大、坚固，如海洋般深、广，如微尘数般众多的业障，才能完全消除。
这四种对治力是所依对治力、厌患对治力、返回对治力、现行对治力。
所依对治力有两种，“外所依对治力”和“内所依对治力”。
“外所依对治力”就是在自身的顶上观想金刚萨埵本尊，并在本尊的心中观想咒轮等等，以祂作为忏悔的对象。观想时，尽量观想一个清净无染的智慧像，而不是如照片或唐卡中平面的法相，前面有、后面没有影像，也不是像铜质、金质、木头般坚硬的法像，亦不是平凡肉身般的显像。详细的观想内容在实修的时候，会更详细讲解。
厌患对治力是怀着真正忏悔的心，对自己无始以来到现在所做的一切恶业，从内心产生很强的忏除悔过之心。虽然我们被业障蒙蔽无法知道所造的一切恶业，但是金刚萨埵本尊的尽所有智，对过去、未来、现在三时的一切完全透明无碍。所以，在祂遍知的智慧前，从无始以来到现在所做的恶业应悉皆忏悔。忏悔心的强烈程度，应如误食毒药，自己的生命将受危害般的强烈后悔心，以此心态来忏悔，方能完全消除过去所造的业障。
譬如一颗树的周围原本有围墙保护，当这道围墙破损时，树很容易被外来的动物啃食，为了保护这棵树，必须将围墙修好。同此理，厌患对治力是消除过去所造恶业的方法，而返回对治力是保证将来不会再造恶业的方法。也就是说过去所造的恶业经忏悔清净后，在习气还没完全消失前，未来仍有可能会犯同样的错。所以，我们必须从内心坚定地发誓：将来绝对不再做任何恶业，过去是因为不小心、不明白前因后果所以犯了错，现在我已清楚明了恶业的可怕，将来绝不再误食毒药般再造恶业。这种不再犯的誓言就是“返回对治力”。没有返回对治力，无法杜绝将来再造恶业的习气；过去所造的业，经由忏悔力消除，但是，断除将来的习气则需要有返回对治力。
现行对治力是念诵“百字明咒”，一面观想、一面持咒。观想金刚萨埵本尊心中的咒轮有甘露降下，自顶轮开始清净我们全身，完全清净消除所有的业障、烦恼、疾病、魔障、习气障等。最后，观想金刚萨埵本尊化成光溶入自身…。以上就是现行对治力。
