佛学院教育课程中，“学前课程”为八年，学前教育期间，须完成藏文母语的听、说、读、写及坛城布置、朵玛制作、修法等基础内容； “义理课程”为九年，涵盖显、密乘义理教法并以敦珠法王传承为主要教法内容，循序渐进、考核严谨；“实修课程”为三年三个月又三天的闭关，总计有十二年。
| 年级 | 根本课程 | 部分课程 |
|---|---|---|
| 一年级 | 入菩萨行论根本 三戒论的注释 |
藏语语法三十颂 音势论简略讲解 学派简论 因类学论 |
| 二年级 | 入学者论 中观庄严论 |
藏语语法广泛注释 宗教史 - 胜利天王 第一章殊胜赞 |
| 三年级 | 入中观论 观点和教派分辨论 |
音势论的广泛讲解 宗教史 - 胜利天王 第二章 义定量智慧剑论 |
| 四年级 | 中观四百论 释量论 第一章 |
宗教史 - 胜利天王 第三、四章 修辞学论 中册 |
| 五年级 | 阿毗达磨俱舍论 释量论 第二、三章 |
宗教史 - 胜利天王第五章 信念灯论 修辞学论中册广泛讲解 |
| 六年级 | 宝性论 般若总义论 现观庄严论 - 注释义明 释量论 第四章 |
智慧章注释 - 澄水珠 宗教史 - 胜利天王第六章 般若义七十论 |
| 七年级 | 庄严经论 功德藏注释 生起次第讲解论 |
辨法法性论 辨中边论 狮子吼总义论 宗教史 - 胜利天王 第七、八章 |
| 八年级 | 律经根本律 上下册 如意藏 大幻化网大纲论 心性休息论 |
无 |
| 九年级 | 大幻化网大纲 - 明精义论 现象净观论 诀窍见珠链论 八大修行注释论 |
无 |
| 三年三个月又三天的闭关 |
|---|
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闭关者希冀达到究竟圆满的结果，需具备两大条件：
一、拥有不间断且正确清净传承的成就上师与教法。 二、无误的信心与实修。因此在行者入关前，仁波切会视其资质、条件、因缘，赐予适合的教法，期间亦不定期给予个别指导，直到圆满出关。 |
