為了法界一切眾生離開三界輪迴的痛苦，特別是消除他們的障礙和業障，達到殊勝的成就。」以這樣的出發點、動機來接受綠渡母的灌頂。有兩個特別的理由我們一定要發菩提心：第一，我們想得到的是綠度母智慧的加持，而綠度母智慧的加持是沒有限制的、平等的，而且是圓滿慈悲的智慧，就圓滿的慈悲而言，祂對一切眾生是平等的，所以我們也要學習綠度母對一切眾生升起平等之心一樣的發菩提心。第二，為一切眾生發願，為什麼呢？因為我們從無始以來即不斷地出生在三界輪迴中，大部分是靠父母的因緣而來到這個世界，在無法計算的生生世世裡，所有的眾生都曾當過我們的父母，所以今天有機會做善事，當然要回報他們的恩德。所以，必須發菩提心才能圓滿地獲得綠度母的加持。
接下來是灌頂的前行。首先，必須獻曼達以接受這個殊勝傳承延續下來的法。獻曼達的意思是供養壇城，這是累積福德資糧和智慧資糧最殊勝的方法。大家唸誦三十七供曼達文，手結曼達手印。曼達手印代表壇城。壇城有法身佛的壇城、報身佛的壇城、化身佛的壇城，如果將手印解釋為法身佛的壇城，則手印代表初佛普賢王如來佛的五種智慧的壇城；如果解釋為報身佛的壇城，則手印代表五方佛的壇城；如果解釋為化身佛的壇城，則手印代表釋迦牟尼佛來到的這個娑婆世界，而娑婆世界裡主要有須彌山、四大部洲等等，手印就是代表須彌山和四大部洲。一面唸誦獻曼達文，一面觀想須空中充滿各種珍貴的供品，為了接受這個殊勝傳承而來的灌頂，供養灌頂傳法上師。
接下來，為了祈求灌頂，唸誦以下的祈請文。祈請文的意思是：灌頂上師和綠度母無二無別，請賜予我綠度母所有智慧身、語、意的灌頂。（唸誦）
接著是皈依和發菩提心。在前面的虛空中，觀想灌頂上師和綠度母無二無別的智慧像，祂具足一切諸佛菩薩的智慧和加持。從今天開始到成佛為止，為了所有眾生能解脫輪迴的痛苦達到成佛，我們永遠皈依綠度母，發願盡自己的能力，永遠效法綠度母利益眾生的事業。唸誦皈依文時，特別要對綠度母和灌頂上師升起堅定的信心。
接下來唸誦「七支供養」祈請文三遍。
「頂禮」的祈請文，特別消除傲慢所造出來的習氣和業障。
「供養」的祈請文，特別消除吝嗇所造出來的習氣和業障。
「懺悔」的祈請文，特別消除瞋恨所造出來的習氣和業障。
「隨喜功德」的祈請文，特別消除忌妒所造出來的習氣和業障。
「法輪常轉」的祈請文，特別消除痴心或是無明所造出來的習氣和業障。
「請佛常住」的祈請文，特別消除邪見所造出來的習氣和業障。
「功德迴向」的祈請文，特別消除懷疑所造出來的習氣和業障。
接下來唸誦「四無量心」的祈請文。
接著進行灌頂的正行部分。現在你們須要觀想自己是綠度母，完全清淨的智慧像，在自己的頂輪觀想有白色的「嗡」、喉輪觀想有紅色的「啊」、心輪觀想藍色的「吽」，因為對灌頂上師和綠度母無二無別的智慧身產生很強的信心，所以嗡阿吽三個種子字放光，供養灌頂壇城、灌頂上師以及十方諸佛菩薩，十方諸佛菩薩智慧身語意的加持隨著光回來，十方諸佛菩薩的智慧身顯現為綠度母的智慧身，十方諸佛菩薩的智慧語顯現為綠度母的咒輪，十方諸佛菩薩的智慧意顯現為綠度母的法器─烏巴拉花，智慧身語意溶入自己的嗡阿吽或是身語意，智慧身溶入嗡，智慧語溶入阿，智慧意溶入吽，如是觀想。
灌頂的正行有智慧身、語、意的灌頂。智慧身的灌頂從綠度母的智慧身得到，而綠度母的智慧身就是灌頂上師，與綠度母無二無別，從灌頂上師手上的綠度母法照產生第二個像，溶入你們的身，於是圓滿得到綠度母智慧身的灌頂。
綠度母智慧語的灌頂，需要你們自己觀想為綠度母，心中觀想一個月輪，月輪上有綠度母的種子字「」，「灌頂上師和綠度母是無二無別的」升起這樣的信心，當灌頂上師唸誦綠度母的咒輪時，灌頂上師和綠度母無二無別的智慧語顯現為咒輪，咒輪出來溶入你們的喉輪，再進入你們的心輪，咒輪圍繞著心中月輪上的種子字「」，從咒輪放光，無限的光明中顯現無數的綠度母，到十方法界做利他事業，消除眾生的十六難等所有的障礙，得到綠度母的加持。
智慧意的灌頂，將從綠度母的法器─烏巴拉花獲得。烏巴拉花代表綠度母和灌頂上師無二無別的智慧意，智慧意顯現為烏巴拉花，從烏巴拉花再顯現第二朵烏巴拉花，這朵烏巴拉花溶入你們的心中時，即得到綠度母智慧意的灌頂，此時你們的心自然放鬆，當心自然放鬆時，心的「明空不二」天成的功德會自然顯現，在這樣的狀態下讓心自然放鬆。
第四個灌頂是朵瑪灌頂，朵瑪代表整個綠度母壇城，將這個朵瑪接觸你們的身語意，溶入你們的身語意，綠度母智慧身、語、意、事業灌頂的加持，將永久持續到你們成就綠度母為止，如是觀想。
接下來唸誦三昧耶的祈請文。三昧耶是灌頂的戒律，接受灌頂之後，什麼應做、什麼不該做，就是三昧耶。接受了綠度母智慧身的灌頂後，要隨時盡量觀想綠度母的智慧身，隨時憶想綠度母的智慧身，這就是灌頂的戒律、三昧耶。隨時唸誦綠度母的心咒（嗡 答類 度答類 度類 梭哈），是接受綠度母智慧語灌頂的三昧耶。有空時，盡量讓心自然放鬆、靜坐，綠度母的智慧意是不可思議和了解的，但是我們盡量超越一切念頭，讓心放鬆於自然態中，這是綠度母智慧意灌頂的三昧耶。我們在心裡發誓或答應盡量做到上述的唸誦、靜坐等，然後唸誦三昧耶的祈請文。
接下來為了感謝灌頂上師傳給我們殊勝的綠度母灌頂，我們向上師獻曼達。接著觀想灌頂上師和綠度母無二無別，我們得到這麼殊勝灌頂的加持，從今天開始，我們的身、語、意、功德、福報，全部供養綠度母和灌頂上師，以這樣的心態唸誦以下的祈請文。
從今天開始到我們成佛為止，生生世世祈禱綠度母和灌頂上師加持我們，消除障礙，達到智慧圓滿的真正成就，以這樣的心態唸誦以下的祈請文。
當我們唸修綠度母的儀軌時，安住綠度母的法照，在我們前面的虛空中觀想綠度母，祂就是一切十方諸佛菩薩的總集，具足一切諸佛菩薩的功德、智慧、加持，我們從今天開始到成佛為止，為了所有眾生們解脫三界輪迴的痛苦，達到究竟成佛，皈依綠度母。並且發願從今天開始到成佛為止，我們的身語意盡量做利他事業，學習綠度母的智慧身語意的事業，以這樣的發心，唸誦皈依和發菩提心的祈請文。
中間兩句是綠度母的祈禱文，其意思是祈禱綠度母消除我們的煩惱、痛苦、一切危難，不只我們自己，包括所有眾生的煩惱、痛苦、障礙、疾病、危難，全部因為得到綠度母的加持而清淨消除。這兩句祈禱文是很殊勝的，是我們傳承上師敦珠法王的前世（即第一世敦珠法王）在淨相中，綠度母親傳的祈請文，雖是很短但很殊勝，唸誦一定次數後，再唸綠度母的心咒。
唸綠度母的心咒時，智慧甘露從綠度母的智慧身灑下，我及所有眾生的身語意皆充滿甘露，得到智慧身語意的加持，消除身語意的業障、煩惱，一面唸誦，一面如是觀想。
唸誦完畢時，綠度母的身體放光，溶入我們的身體中，心盡量放鬆自然、靜坐。
最後四句是功德迴向。將我們唸誦的功德，尤其是今天參加綠度母灌頂的功德，和我們過去現在未來所累積的功德，跟十方諸佛菩薩的功德，合在一起迴向給法界眾生，所有眾生收到我們的功德，解決問題、消除煩惱、清淨業障，達到綠度母的成就，然後唸誦迴向文。
