不共加行的第二個部份「發菩提心」。菩提心是釋迦牟尼佛陀大乘一切教法的基礎。實修菩提心的時候，需要觀想：在我們前面虛空中有蓮花生大士佛陀，祂具有過去、現在、未來一切諸佛的功德和加持，蓮花生大士佛陀與自己的根本上師無二無別，在祂的面前和我們自己的左右有這輩子的父母親，我們的前面則有冤親、債主、敵人，所有的六道輪迴眾生圍繞我們自己。然後發願：為了所有的眾生們能離開三界輪迴的痛苦，獲得究竟成佛，我今天實修菩提心，並且從今天開始，身、語、意配合自己的因緣、能力，行利他事業直到永斷輪迴為止。開始唸誦發菩提心文。
接下來，從蓮花生大士佛陀的智慧身放光，無量無邊的智慧光融入我們和所有眾生的身、語、意，清淨我們的身、語、意，特別清淨我們的我執心、自私心和執著心，獲得蓮花生大士佛陀大慈大悲的加持。接下來，我和所有的眾生們融入蓮花生大士佛陀的智慧身，蓮花生大士佛陀的智慧身也是從十方慢慢融入，融入空性中，這個空性就是究竟菩提心。我們盡量自然放鬆在這空性中，就是實修究竟菩提心的殊勝方法。現在盡量自然放鬆。
不共加行第三個部份「獻曼達」。獻曼達是累積福慧資糧最殊勝、圓滿的方法。實修獻曼達的時候，需要觀想獻供的對象是十方諸佛菩薩，十方諸佛菩薩的總集就是蓮花生大士佛陀，所以我們觀想前面虛空中有蓮花生大士佛陀。蓮花生大士佛陀的智慧身具有十方諸佛菩薩的壇城以及諸佛菩薩。在祂的面前，我們獻供曼達，先要結曼達手印，代表諸佛的壇城，有報身佛、化身佛、法身佛的壇城，觀想法界遍滿諸佛的壇城，虛空遍滿殊勝供品。為了所有的眾生們圓滿累積福慧資糧而獲得究竟成佛，故我今天實修獻曼達供養十方諸佛菩薩。一起唸誦供養文。
接下來，前所觀想遍滿法界的壇城，以及遍滿虛空的殊勝供品，包括我們自己的身、語、意、功德、福報，觀想都融入前面虛空中蓮花生大士佛陀的智慧身中，蓮花生大士佛陀的智慧身也是從十方慢慢融入空性中，我們盡量自然放鬆在這個空性中，就是究竟累積福慧資糧殊勝的方法。現在盡量自然放鬆。
不共加行的第四個部份「金剛薩埵法」。金剛薩埵法特別是懺悔消業障的殊勝方法。懺悔時必須具有四種對治力的方法，才有辦法完全消除我們過去所造的業障、障礙。所以，實修金剛薩埵法也是需要具有四種對治力來懺悔。
四種對治力的第一個是「所依對治力」。所依對治力的意思是我們懺悔的對象，我們懺悔的對象就是金剛薩埵本尊，所以需要觀想金剛薩埵本尊。觀想的方法：在我們自己的頂上觀想一朵八瓣彩色的蓮花，蓮花上觀想月輪，月輪上觀想一個白色的吽，吽放光普遍法界，供養十方諸佛菩薩，光回來跟著十方諸佛菩薩的無限大慈大悲的智慧加持及功德融入吽。從這個吽另外一次放光，普遍三界輪迴，所有的眾生們收到這個光後，清淨他們的身，語，意，獲得安樂。光回來融入吽，一剎那時間中，吽顯現為金剛薩埵本尊佛父佛母，膚色白、一面、二臂、雙足，具有十三種報身佛的莊嚴。佛父的右手持五股金剛杵，左手持金剛鈴，雙足是金剛坐姿；佛母的右手持金剛彎刀，左手捧著充滿甘露的嘎巴拉，雙足是蓮花坐姿。佛父佛母完全是智慧的顯像，具有一切諸佛的功德和加持。金剛薩埵本尊與自己的根本上師無二無別。佛父的心中再觀想一朵白色的蓮花，蓮花上有月輪，月輪上觀想一個白色的吽，百字明咒輪圍繞這個吽。
如是觀想後開始發願：為了所有眾生們完全清淨消除煩惱、業障、魔障、障礙、習氣障、所知障、疾病……，獲得金剛薩埵本尊的成就，我今天實修金剛薩埵法。
第二個是「厭患對治力」。厭患對治力的意思是完全後悔，很強烈的從內心懺悔自己過去所造的惡業。無始以來到現在，身、語、意所造的惡業，不論自己記不記得，從內心生起很強的後悔心，全部懺悔。
第三個是「返回對治力」，就是斷除將來自己再造惡業的習氣的最殊勝方法，也就是「從今天開始，將來自己的身、語、意絕對不再造任何惡業」的強烈想法。
第四個是「現行對治力」，也就是唸誦百字明咒。持咒時觀想金剛薩埵佛父心中的百字明咒輪向右旋轉，咒輪的每一個咒字有甘露降下來，甘露從金剛薩埵佛父佛母的蓮花座進入我們的頂輪，從頂輪開始，甘露遍滿全身，一邊遍滿，一邊消除我們的業障、煩惱、障礙、魔障、習氣障、所知障、疾病……完全清淨消除後，我們自己的身、語、意變成完全清淨、透明。再唸誦百字明咒，甘露降下來充滿身、語、意。一邊如是觀想，一邊唸誦 (持咒)。
接下來，觀想頂上的金剛薩埵本尊融入自身，自己顯現是金剛薩埵本尊，心中觀想一個「吽」，吽的前面觀想「嗡」，吽的右邊觀想「邊扎」，吽的後面觀想「薩」，吽的左邊是觀想「埵」。從這個短咒放光，普遍外界，清淨顯現為金剛薩埵本尊的淨土，所有眾生們收到這個光，清淨他們的身、語、意，顯現為金剛薩埵本尊。一邊如是觀想，一邊唸誦(持咒)。
接下來，觀想金剛薩埵本尊的淨土融入金剛薩埵本尊，所有的金剛薩埵本尊融入自身金剛薩埵本尊，自身金剛薩埵本尊融入心中的咒輪，咒輪從前面開始，嗡融入邊扎，邊扎融入薩，薩融入埵，埵融入中間的吽，中間的吽從底部往上，慢慢融入空性中。唸誦融入文，盡量自然放鬆在空性中，就是究竟懺悔的殊勝方法。
不共加行的第五個部份「上師瑜伽法」或稱「上師相應法」。這個方法的實際情況就是一切無上密正行法的最主要部份，正行法的一切精華就是上師相應法。實修的時候，需要觀想自己為金剛瑜伽母，代表空性，前面虛空中觀想蓮花生大士佛陀，與自己的根本上師無二無別，祂的智慧身具有一切諸佛的功德和加持，特別是從普賢王如來佛到自己的根本上師，不斷成就傳承上師的實際傳承證悟的加持。我們對蓮花生大士佛陀從內心生起無比虔誠堅定的信心，祈請上師加持我們的內心，消除無明，完全甦醒、明白、綻放我們本來具有的無量無邊的智慧，祈請上師加持。一起唸誦祈請文。
接下來，在蓮花生大士佛陀的智慧頭輪觀想一個白色的八邊法輪，中間有白色的嗡，蓮花生大士佛陀的智慧喉輪觀想一朵紅色的八瓣蓮花，中間有紅色的阿，蓮花生大士佛陀的智慧心輪觀想一支藍色的五股金剛，中間有一個藍色的吽，蓮花生大士佛陀的智慧臍輪觀想五種顏色的圓圈光。從蓮花生大士佛陀智慧頭輪的白色嗡字放光，融入我們自己的頭輪，消除身體所造的業障，完全清淨消除後獲得蓮花生大士佛陀智慧身的灌頂、加持以及成就。從蓮花生大士佛陀智慧喉輪的紅色阿字放光，融入我們自己的喉輪，完全清淨消除語所造的業障，獲得蓮花生大士佛陀智慧語的灌頂、加持以及成就。從蓮花生大士佛陀智慧心輪的藍色吽字放光，融入我們自己的心輪，完全清淨消除心所造的業障，獲得蓮花生大士佛陀智慧意的灌頂、加持以及成就。從蓮花生大士佛陀智慧臍輪的五種顏色圓圈光放光，融入我們自己的臍輪，完全清淨消除習氣的業障，獲得蓮花生大士佛陀金剛智慧的灌頂、加持以及成就。一邊如是觀想，一邊唸誦灌頂文。
接下來，蓮花生大士佛陀的智慧身融入光，這個智慧光融入我們的心中，獲得實際傳承證悟的加持，完全明白、綻放、證悟自己本性的無限智慧，就是明空不二的智慧。唸誦融入文，盡量自然放鬆在明空不二智慧中。
接下來是破瓦法。需要觀想我們自己的頂上有西方極樂世界的三尊佛，對三尊佛從內心生起虔誠、堅定的信心，唸誦破瓦法的祈請文。
最後是功德迴向。我們今天實修加行的功德，跟我們自己過去、未來、現在所累積的功德，與十方諸佛菩薩及羅漢、持明成就上師們無限智慧的功德，合在一起迴向給法界一切眾生。所有眾生們收到我們的功德，消除他們的業障，清淨他們的煩惱，脫離三界輪迴的苦海，獲得究竟成佛。從內心完全如是迴向法界一切眾生。
